- Оно началось еще тогда, когда я сам был студентом медико-биологического факультета по специальности "медицинская кибернетика", на младших у нас был курс биохимии. Это была одна из тех специальностей, которые мне больше всего нравились и были интересны для меня. Сотрудники кафедры рассказывали про институт биомедицинской химии и приглашали тех, кому интересно сочетать программирование и биологические знания, в том числе и биохимию, на работу в лабораторию. Таким образом я попал в институт биомедицинской химии в лабораторию микросомального окисления, где была группа биоинформатиков, которая уже тогда занималась сравнением биологических последовательностей. Там я получил первый научный опыт, а в последствии мне стало еще интереснее, поэтому я остался там делать диплом, кандидатскую, докторскую. Потом меня пригласили в РНИМУ организовать кафедру биоинформатики.

- Мне еще со школы были интересны с одной стороны математика и информатика, а с другой стороны биология. Тогда я еще не знал о существовании такой науки как биоинформатика, но оказалось, что такое направление есть и в нем совпали все мои интересы. В образовании, которое я получил в университете, добавились еще и медицинские знания. Такое сочетание дисциплин для меня очень интересно и мои исследования проводятся именно в них. Комплексное образование очень полезно в том смысле, что дает много возможностей.

- Тогда была еще не так развита инфраструктура: общедоступный интернет только появлялся. В начале, так как мы работаем с большими объемами данных и важно иметь доступ к публикациям, с этим были трудности. Конечно, это уже не так актуально с развитием Всемирной сети. Я попал в хорошую лабораторию, не могу сказать, что какие-то трудности испытывал, все было доступно, понятно, у меня был хороший руководитель, благодаря которому я сформировался как ученый. Если говорить о трудностях с реактивами и оборудованием, их практически не было, потому что мы используем компьютеры, а это общедоступный ресурс.

- Нет, я бы так не сказал, потому что в течение обучения появлялись разные дисциплины. Я интересовался не только биоинформатикой, но и клиническими дисциплинами, но в конечном итоге я понял:, что то, чем я занимался изначально, мне больше всего нравится, и поэтому остановился на этом.

- Главное, - чтобы был интерес. Мне всегда самому было интересно, и меня никто не заставлялть разбираться с чем-то, хотя какие-то темы руководитель, конечно, предлагал, но это совпадало и с моими увлечениями. Главное, чтобы то, чем вы занимаетесь, было не из- под палки, чтобы у вас был энтузиазм, тогда вамша работа будет комфортноа, а интерес с годами не утратится.

- Да. Я радуюсь, когда что-то получается, особенно если в начале что-то казалось очень сложным, или когда студенты, которые находятся еще в начале своего пути, проявляют креатив, и у них все получается быстро и эффективно.

 Да. С одним из моих первых аспирантов, когда я был еще кандидатом. У нас была не такая большая разница в возрасте на тот момент. Ии, действительно, завязались дружеские отношения. Сейчас, несмотря на то, что он продолжает свою карьеру в Америке, мы поддерживаем отношения и стараемся по возможности вести какие-то совместные проекты.

В целом, весьма позитивно. Область биоинформатики особенно динамично развивается. Она очень разнообразна и обширна, но то, что связано с применением ее в клинике, развивается особенно бурно. Мы с вами в медицинском вузВУЗе, поэтому для нас это особенно актуально и интересно. В связи с тем, что есть большие достижения в экспериментальной молекулярной биологии, с разработкой секвенаторов нового поколения появляется все больше и больше данных, которые становятся все более и более доступными. Например, расшифровка персональных геномов пациентов: если у человека обнаружили опухоль, можно секвенировать геном опухоли и нормальных клеток, сравнить их, провести диагностику и подобрать наилучшее лечение. Другая перспективная область —– диагностика наследственных заболеваний у детей, потому что заболеваний очень много, несколько тысяч, и далеко не сразу удается определить, чем болен ребенок. В этом смысле такие технологии позволяют ускорять диагностику, потому что раньше это могло занимать в среднем четыре-пять лет в среднем, а ребенок в это время страдал, и было непонятно, чем и как его лечить. С развитием науки на это теперь можно потратить около пары месяцев.

В основном молодые и двигают, потому что у них много сил и энтузиазма, они могут сосредоточенно этим заниматься. Старшее поколение видит более широкую картину и помогает подобрать какие-то важные задачи и цели. А молодые студенты, сотрудники, аспиранты могут сообразить, как выполнять какие-то детали и небольшие задачи быстрее и эффективнее.

- Меня очень грамотно направили в школе, за что большое спасибо моему школьному учителю биологии: она заметила, что я увлеченно занимался этим предметом и разбирался в программировании, и посоветовала обратить внимание на такую область науки, как биоинформатика. Когда я поступал, искал вузы, где есть соответствующие кафедры. Тогда же увидел, что в РНИМУ им. Н.И. Пирогова относительно недавно основали кафедру биоинформатики, и решил выбрать направление «Медицинская кибернетика». Окончил Университет с красным дипломом. Во время обучения занимался наукой, потому что мне интересно данное направление и именно ради этого я поступал во Второй мед.

- С Алексеем Александровичем я в основном занимаюсь вычислительной иммунологией. Это подобласть биоинформатики, одна из основных задач которой заключается в том, чтобы научиться предсказывать, какие иммунные клетки на какой антиген будут отвечать. У таких клеток есть специальные молекулы, распознающие определенным образом своеобразные маркеры антигена, так называемые эпитопы. Задача — сопоставить, какие последовательности рецепторов наших иммунных клеток какой антиген распознает. Второй подпункт — как из исходного белка антигена получаются короткие последовательности, которые и определяются иммунной системой.

- В клинике это не применяется в связи с тем, что технологии пока недостаточно точные для клиники, но зато используется в разработке препаратов иммунотерапевтических и иммунопрофилактических, тех же самых вакцин от коронавируса. Вообще, это является горячей темой: регулярно выходят статьи, а ученые по всему миру пытаются создать программу, которая будет лучше и точнее давать ответы на поставленные задачи.

- Дело было еще перед пандемией. Я сидел вечером, и в голову пришла мысль: «Почему вирусы растений не заражают человека? Почему мы не болеем болезнями растений?» Я начал думать, искать материалы по этой теме. Позже пришел к Алексею Александровичу с вопросами и публикациями, что сделать. Он поделился темами, которые следует развивать, и подсказал, что стоит читать, какую информацию подбирать. Так и родилась идея проекта, им сейчас я и занимаюсь. Диплом был тоже по этой теме, планирую писать диссертацию, ждем выхода статей, уже есть готовая программа. В общем, активно занимаемся и работаем.

- На кафедру я пришел еще совсем маленьким, будучи первокурсником. Сначала ходил, смотрел, как котеночек, который ничего не понимает, но ему все очень интересно. Потом постепенно мне давали какие-то небольшие поручения. Они не только были связаны с темой моего проекта, но и касались научной деятельности кафедры в целом. После поставленной задачи и полученных пояснений ты учишься проводить какой-то научный поиск, самостоятельно планировать эксперимент, выступать на конференциях. В процессе работы «созреваешь», у тебя появляются собственные мысли, о которых хочется рассказать. Хорошо, что на кафедре инициатива не подавляется, а, наоборот, всячески поощряется. Когда, уже будучи студентом, ты можешь работать над своими проектами. Это мотивирует на продолжение.

-Алексей Александрович помогает в основном консультативно. По большей части делаю все самостоятельно, а он проверяет, чтобы я не допускал никаких ошибок. Много советует хорошую литературу: рассказывает, где и куда смотреть, как лучше сделать, спланировать. Я считаю, у нас очень здоровое сотрудничество, когда не просто говорят, что нужно делать, и ты выполняешь не задумываясь, а когда ты делаешь сам. Просто ставят некоторые ограничительные рамки, за которые лучше не выходить, и контролируют твою работу, чтобы ты не наделал лишних и ненужных ошибок.

Разумеется. Наука — всегда общение, это воспитывает человека, дает понимание, как следует общаться, каким языком пользоваться. Научное общение — всегда связи, не только нейронные, но и социальные. Наверное, я бы еще сказал, что это ответственность. Текущие научные реалии в целом дисциплинируют, потому что нужно ставить план, его придерживаться, соблюдать сроки, выполнять по максимуму. Если не успеваешь, приходится работать ночами. Все это прививает чувство ответственности не только за свои поступки, но и за свои слова, ведь если ты свои результаты публикуешь, то за них должен отвечать. Это — твоя репутация, которую необходимо приобретать с самого начала и беречь.

Я планирую дальше развивать свой проект. Сейчас он заточен на рассмотрение процессов, происходящих на молекулярном уровне, а дальше уже можно строить модели и на клеточном уровне, переходя с меньшего уровня организации на все большие и большие, вплоть до организменного или популяционного. То есть смотреть, как идет эволюция вирусов, как они развиваются, как их геном меняется, какие антигенные паттерны у них выявляются, чтобы в дальнейшем не просто проектировать вакцины для защиты от конкретной болезни, но и направить эволюцию вируса в таком направлении, чтобы он не был патогенным для человека. Хотя это звучит как сверхзадача, дело всей жизни, если не больше.

Честно говоря, об этом пока рано говорить, потому что два-три года для проекта не так уж и много, чтобы что-то радикально менялось в стратегическом плане, а в тактическом регулярно что-то происходит. Например, изменился подход к тому, как строить модели, какие данные лучше брать или, наоборот, не использовать, какие методы оценки модели применять.